La nouvelle agence mènera des recherches dans de grands domaines en tenant compte des liens entre santé animale et alimentation, environnement et travail. Les travaux devront mieux couvrir certaines problématiques à l’interface des deux agences actuelles: eau, santé au travail des agriculteurs, produits chimiques (pesticides, biocides, substances soumises au règlement européen REACh). La future agence devra renforcer l’évaluation et la prévention des risques émergents et des risques liés aux multi-expositions de long terme à faible dose aux contaminants chimiques.
La mise sur pied de l’agence prévoit un comité de déontologie et de prévention des conflits d’intérêt, composé exclusivement de personnalités extérieures, pouvant être saisi en cas d’interrogation sur le respect des règles déontologiques ou de prévention des conflits d’intérêts. Le conseil d’administration comprendra cinq collèges : pouvoirs publics, partenaires sociaux, organisations professionnelles, ONG et mouvement associatif, élus. Il sera complété par des personnalités qualifiées et les représentants du personnel de l’agence. L’agence pourra être saisie par les associations de consommateurs, de protection de l’environnement et celles défendant les intérêts des patients et des victimes d’accidents du travail ou de maladies professionnelles.