Dans le cadre du plan fret présenté le 16 septembre, le gouvernement veut encourager le système des autoroutes ferroviaires. Les deux autoroutes ferroviaires qui fonctionnent aujourd’hui en France passent par Rhône-Alpes : l’autoroute Ferroviaire Luxembourg-Perpignan, et l’Autoroute Ferroviaire Alpine (AFA). L’autoroute ferroviaire transalpine qui présente de nombreuses imperfections de puis son lancement sera réorganisée. La demande était exprimée depuis longtemps. Un nouvel appel d’offres doit être lancé d’ici à la fin de 2009. Le tunnel du Montcenis devrait être achevé pour permettre le passage de camions sur les trains. En 2011, l’autoroute ferroviaire alpine devrait proposer un cadencement d’un train toutes les deux heures. En 2013, l’autoroute ferroviaire alpine devrait pouvoir transporter un train toutes les heures, et éviter ainsi le passage de 100 000 camions à travers les Alpes.
L’autoroute ferroviaire Luxembourg Perpignan doit aussi être développée avec le doublement de 6 à 12 trains par semaine. Opérationnelle depuis 2007, elle est le premier service de longue distance en France avec 6 allers-retours hebdomadaires pour le transport de remorques seules et désormais aussi de conteneurs et de caisses mobiles. L’AFPL a déjà acheminé 15 000 remorques. En 2010, cette autoroute devrait être capable de fonctionner au rythme d’un train toutes les quatre heures. L’objectif est d’offrir quatre navettes quotidiennes en 2011 et une dizaine à l’horizon 2015, notamment grâce à l’interconnexion avec le futur itinéraire de l’autoroute ferroviaire alpine. Ceci permettra alors de transporter entre 100 000 à 120 000 poids lourds par an, soit environ 1/3 du marché potentiel. Est aussi envisagé, le prolongement du service vers la mer Baltique et l’Espagne.
Une quatrième autoroute Rhône-Atlantique
Après l’autoroute ferroviaire Luxembourg-Perpignan et après l’autoroute Ferroviaire Alpines, le gouvernement veut la création d’une autoroute ferroviaire atlantique. L’Etat demande à RFF d’étudier la mise en place d’une quatrième autoroute ferroviaire, permettant d’interconnecter les itinéraires rhodanien et atlantique, notamment au nord avec un prolongement jusqu’au tunnel sous la Manche, ainsi que les itinéraires rhodanien et alpin pour une liaison entre l’Europe du nord et l’Italie. L’attractivité des autoroutes ferroviaires repose principalement sur l’écart entre le prix de ce service et celui du mode routier. L’Etat prendra ce facteur en compte dans l’économie des délégations de service public des futures autoroutes ferroviaires. Par ailleurs, comme il l’a déjà fait, l’Etat mettra en place de nouvelles aides remboursables pour faciliter l’acquisition du matériel nécessaire au développement attendu sur l’autoroute ferroviaire Perpignan-Bettembourg, service d’initiative privée.