Les associations opposées à l’édification d’un barrage sur le Rhône à Saint-Romain de Jallionas, mettent en avant les menaces sur la biodiversité dans le secteur. La biodiversité , rappellent les associations, est cruellement impactée en France de métropole, où on compte un obstacle tous les 4 km de cours d’eau selon Office Français de a Biodiversité (OFB) .

Globalement ,  17 % des espèces de faune et de flore sont menacées ou éteintes en France, et leur risque d’extinction a augmenté de 14 % en moins de 10 ans : disparition de 24 % des oiseaux entre 1989 et 2021, de 36 % des oiseaux des milieux agricoles et de 43 % des espèces de chauves-souris entre 2006 et 2021. Ce sont 66 % des papillons de jour qui ont disparu dans au moins un département , avec l’effondrement massif des populations d’insectes, etc.
Sur portion du Rhône  en jeu dans le projet, existent des zones d’hivernage pour les oiseaux d’eau, 46 espèces hivernantes liées plus ou moins étroitement aux milieux aquatiques étant observées chaque année. Les oiseaux nicheurs qui vivent à l’année sur le secteur (142 espèces d’oiseaux observées) seront aussi affectés du fait de la destruction des berges et des ripisylves ( linéaire forestier sur la rive) , zones particulièrement propices pour ces espèces.
Les oiseaux paludicoles, qui vivent dans les zones immergées comme les berges, comprennent des espèces nichant dans les roselières (Rousserolle effarvatte, Rousserolle turdoïde, Nette rousse, Râle d’eau…) ne pourront plus trouver de lieux favorables à leur nidification en raison des contraintes de la gestion du fleuve par ce nouveau barrage ; foulques et anatidés étant très sensibles aux fluctuations des
niveaux d’eau.

Douze espèces d’amphibiens protégés sont signalées dans les données : Crapaud calamite, Alyte accoucheur, Crapaud commun ou épineux, Grenouille agile, rieuse, rousse, verte, Rainette verte, Salamandre tachetée, Sonneur à ventre jaune, Triton alpestre et palmé. Des espèces avec des exigences variées pourront également subir les modifications causées par l’infrastructure en amont et en aval.
Neuf espèces de reptiles sont présentes dont 8 sont protégées. Elles auront également à subir les changements avec le risque d’installation d’espèces exotiques moins sensibles aux variations. Enfin, les mammifères, castors et loutres, ont besoin de la continuité hydraulique afin
de maintenir une population viable par le brassage des populations, qui sera rendus encore plus difficile par la construction du barrage et les marnages d’eau.